分子動力学シミュレーション可視化ソフト MDVIS

-Visualizer for Molecular Dynamics simulation-

MDVISは、岡山大学の河村教授によって開発された分子動力学(MD)シミュレーションプログラム

MXDORTOのシミュレーション結果をWindows上で3DGCで表示するソフトウェアです。

 

 

2012年6月現在、沼津工業高等専門学校 応用物質工学専攻の専攻科研究において開発しています。

 


2012年5月17-18日に行われました日本コンピュータ化学会2P01)にてMDVISを発表しました。

 

 

 

動作環境

 

.Net Framework 4.0(http://msdn.microsoft.com/ja-jp/netframework/aa569263)

インストールされているWindowsXP (32 bit), Windows 7(32bit, 64bit)

 

ダウンロード

MDVIS2_x86_130323

 

History

 

MDVIS ver.121107(開発版)

 

MDVIS120304.zip(正式公開バージョン)

 

 

操作方法
(zipファイルに含まれているReadme.txtと同じ内容です)

1. <起動方法>
   mdvis.exeをダブルクリック
  main(中央)operation(右)data(左)の3つのwindowが表示される。
2. <ファイル選択>
   表示したいmxdortoの計算結果のfile07.datをmain windowの右上のopenボタン
   またはファイルメニューの「open」から選択。
   続けて同一フォルダーのfile09p.dat、file09v.datが読み込まれる。
  (file09p.datが存在しない場合、Not exists file09Pのメッセージが
  表示され、OKを押すとfile07.datの原子座標を出力する。)
3. <読み込み設定>
  OpenFileOptionウィンドウで読み込み範囲(Reading step)と
   何ステップおきに読み込む(Reading shift)かを決定しOKボタンを押す。

4. <原子のプロパティの設定>
   <大きさ設定>
  右側に現れるOperation windowのBond&statusのTag中の Atomic property Sizeヘ
  サイズ(単位はA)を入れ、Enter を押す。
  <色設定>
  右側に現れるOperation windowのBond&statusのTag中の Atomic property colorから
  色を選択する。Trancsparencyの値x(0<x<100)を入力するとで色の透過性が設定できる。
  0を選択すると表示されなくなる。
  othersのTagの Atomic Data に mdvis.exe と同一フォルダにある
  AtomicData.txt を読み込むことにイオン半径や原子半径およびデフォルトの色を
  読み込める。
(一度読み込むとpathが記憶される。AtomicData.txtにないデータは
   atomicDataEditor.exeを利用して追加できる)
  <描画サイズ>
  scaleに描画する原子やイオンの半径の割合を入れてEnter を押す。
5. <結合の設定と表示>
  右側に現れるOperation windowのBond&statusのTag中のBond elements に
  結合を表示したい元素を2つ選び、max lengthに最大の結合距離を入力。
    main form windowのbondが選択されている時に時に描画される。。
  <多面体の表示>
  max length以内においてBond elementsの左側に示された元素を中心として
  右側に示された元素によって形成される多面体がmain form windowのpolyが選択されている時に描画される。
6. <3DCGの表示>
  中央の main form windowを左クリックしながら動かすと画面を回転できる。
  右クリックしながらカーソルを上下もしくは左右動かすと画面の拡大、縮小
  ができる。playボタンを押すとムービーが開始される。
    main form windowのボタンにより視点方向、projection mode、描画するものの変更ができる。
7. <chart描画>
    左側に出現するDataform windowのsimulaion Tag中のチャートボタンでfile09v.dat中のデータなど
  シミュレーションを結果をグラフ表示できる。チャートボタンを押すとChartwin windowが開く。
  右上のselect Dataから表示したい情報を選ぶ。この操作を繰り返して複数の情報を表示できる。
8. <軌跡描画>
    中央の main form windowで原子をクリックするとその原子の軌跡を描画する。この時

   他の原子は暗くなる。Ctrlボタンを押しながら他の原子をクリックすると軌跡を描画する
   原子を複数個選択できる。
    Operation windowの SelectionのTag中のSelected Atomにこの情報が表示される。
   Tajectoryのボックスの選択により表示、非表示を選択できる。
    VisibleのAll Trajectoryのボックスをチェックすると全原子の奇跡が表示される。
    (ステップ数が多かったり粒子数が多いと多くのメモリを必要とし描画に時間がかかります)
   Highlightのチェックを外すと全ての粒子が同じ明るさで表示される。
9. <キャプチャー機能>
   レンダリングモードがCurrentの場合、動画出力ができません。
   AllもしくはSelectモードの場合に画像出力は、ファイル名 + 連番で出力されます。
10.<表示エリアの設定>
   Operation windowのBoundary ConditionのTag中のDisplay Areaのバーにより各軸の表示領域が設定できる。
   Expansionによって1つのセルを各軸方向に追加できる。


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